Vào ngày 12 tháng 10 năm 2000, vụ đánh bom tàu USS Cole đã khuyến khích một số thành viên rời đi. Mohammed Atef đã trốn khỏi Kandahar, Zawahiri đến Kabul, và Bin Laden chạy trốn đến Kabul, sau đó gia nhập cùng Atef khi nhận ra rằng sẽ không có cuộc tấn công trả đũa nào từ phía Mỹ.
