Đến ngày 17 tháng 12, cuộc nổi dậy đã bị ngăn chặn và đập tan. Khoảng 40 quân nổi dậy đã chết và 3.400 người bị bắt. Số còn lại đã bỏ trốn và được cho là đang cố gắng đến Indonesia. Trong số các thủ lĩnh, Azahari đang ở Philippines và Yassin Affendi đang ở cùng những kẻ chạy trốn.
