Ngày 26 tháng 3 năm 1997, Tổng thống Boris Yeltsin bổ nhiệm Putin làm phó chánh văn phòng Tổng thống, vị trí mà ông giữ cho đến tháng 5 năm 1998, và là người đứng đầu Tổng cục Kiểm soát thuộc Cục Quản lý Tài sản Tổng thống (cho đến tháng 6 năm 1998).