في نهاية يونيو 1934، ألقي القبض على كبار المسؤولين في كتيبة العاصفة وعدد كبير من معارضي النظام، بما في ذلك غريغور ستراسر، وقتلوا في عملية تطهير أطلق عليها لاحقًا (ليلة السكاكين الطويلة). كان جوبلز حاضراً في عملية اعتقال قائد كتيبة العاصفة إرنست روم في ميونيخ.
تسببت مطالب جيش الإنقاذ بمزيد من القوة السياسية والعسكرية في القلق بين القادة العسكريين والصناعيين والسياسيين. رداً على ذلك ، قام هتلر بتطهير قيادة جيش الإنقاذ بأكملها في ليلة السكاكين الطويلة ، التي وقعت في الفترة من 30 يونيو إلى 2 يوليو 1934. استهدف هتلر إرنست روم وغيره من قادة جيش الإنقاذ الذين تم اعتقالهم ، إلى جانب عدد من خصوم هتلر السياسيين. واعتقلوا وأطلق عليهم النار.