جاءت النهاية الفعلية للإمبراطورية في عدة خطوات. أعطى صلح ويستفاليا عام 1648، الذي أنهى حرب الثلاثين عامًا، للمناطق الاستقلال شبه التام. مذهب الكالفينية مسموح بها الآن، ولكن مذهب تجديدية العماد، والأرمينيين وغيرهم من المجتمعات البروتستانتية ستظل تفتقر إلى أي دعم وستظل مضطهدة حتى نهاية الإمبراطورية. ترك الاتحاد السويسري، الذي كان قد أسس شبه استقلال في عام 1499، وكذلك شمال هولندا، الإمبراطورية. ركز أباطرة هابسبورغ على تدعيم عقاداتهم في النمسا وأماكن أخرى. أنهت معاهدات وستفاليا فترة مأساوية من التاريخ الأوروبي تسببت في وفاة ما يقرب من ثمانية ملايين شخص. حدد العلماء ويستفاليا كبداية للنظام الدولي الحديث، بناءً على مفهوم السيادة الوستفالية، على الرغم من أن هذا التفسير قد تم الطعن فيه.
لكن هذا العصر الذهبي لم يكن مجرد فترة بسيطة من التوسع الكبير في عدد المكتبات الأوروبية وإمكانية الوصول إليها؛ كانت أيضًا فترة صراع كبير. لم يكن الإصلاح مصدر إلهام لإعادة توزيع السلطة فحسب، بل أدى أيضًا إلى إعادة توزيع الثروة والمعرفة. في حين أن حرب الثلاثين عامًا (1618-1648) أهلكت سكان أوروبا (من 21 مليون في بداية الصراع إلى 13 مليونًا بحلول النهاية) فقد ساعدت أيضًا في إعادة توزيع هذه الثروة والمعرفة.