راقب لينكولن بدقة تقارير التلغراف الواردة إلى وزارة الحرب. قام بتتبع جميع مراحل الجهد ، والتشاور مع المحافظين ، واختيار الجنرالات بناءً على نجاحهم. في يناير 1862 ، بعد شكاوى من عدم الكفاءة والربح في وزارة الحرب ، استبدل لينكولن وزير الحرب سيمون كاميرون بإدوين ستانتون. جعل ستانتون أنشطة وزارة الحرب مركزية ، ومراجعة الحسابات وإلغاء العقود ، وتوفير 17 مليون دولار للحكومة الفيدرالية.
عندما استقال الجنوبيون من مقاعدهم في مجلسي الشيوخ والنواب، تمكن الجمهوريون من تمرير المشاريع التي منعها أعضاء مجلس الشيوخ الجنوبيون قبل الحرب. وشملت هذه التعريفة موريل ، وكليات منح الأراضي، وقانون المسكن، والسكك الحديدية العابرة للقارات، وقانون البنك الوطني، وتفويض مذكرات الولايات المتحدة بموجب قانون المناقصات القانونية لعام 1862، وإنهاء الرق في مقاطعة كولومبيا.
"جيش تينيسي" استخدام لأول مرة داخل جيش الاتحاد في مارس 1862، لوصف قوات الاتحاد التي ربما تكون أكثر ملاءمةً لوصف "جيش غرب تينيسي" ؛ كانت هذه القوات تحت قيادة الميجور جنرال يوليسيس س. جرانت في منطقة الاتحاد غرب تينيسي.
في أبريل 1862، قامت فرقة عمل بحرية تابعة للاتحاد بقيادة القائد ديفيد دي بورتر بمهاجمة حصون جاكسون وسانت فيليب، اللتين كانتا تحرسان مجرى النهر المؤدي إلى نيو أورلينز من الجنوب. بينما قصف جزء من الأسطول الحصون، قامت السفن الأخرى بكسر العوائق في النهر ومكنت بقية الأسطول من الوصول بسرعة إلى المدينة.
كانت معركة شيلوه معركة كبيرة في المسرح الغربي للحرب الأهلية الأمريكية. كان القتال في السادس والسابع من إبريل عام 1862 في الجنوب الغربي لولاية تينيسي حيث كانت القوات الإتحادية تحت قيادة الجنرالات ألبرت سيدني جونستون وبي جي تي بيوريجارد ضد قوات جيش اتحاد اللواء بقيادة الجنرال أوليسيس جرانت.
ثم قاوم ماكليلان طلب الرئيس بملاحقة جيش لي المنسحب ، بينما رفض الجنرال دون كارلوس بويل بالمثل أوامر بتحريك جيش أوهايو ضد قوات المتمردين في شرق تينيسي. استبدل لينكولن بويل مع ويليام روسكرانس ؛ وبعد انتخابات التجديد النصفي لعام 1862 استبدل ماكليلان بأمبروز بيرنسايد. كانت التعيينات محايدة سياسياً وبارعة من جانب لينكولن.
بشكل خاص ، خلص لينكولن إلى أنه يجب القضاء على قاعدة العبيد في الكونفدرالية. جادل كوبرهيدس بأن التحرر هو حجر عثرة أمام السلام وإعادة التوحيد. ووافقه الرأي المحرر الجمهوري هوراس غريلي من صحيفة نيويورك تريبيون. في رسالة مؤرخة في 22 أغسطس 1862 ، قال لينكولن إنه بينما كان يتمنى شخصيًا أن يكون جميع الرجال أحرارًا ، بغض النظر عن ذلك ، فإن التزامه الأول كرئيس هو الحفاظ على الاتحاد: هدفي الأسمى في هذا النضال هو إنقاذ الاتحاد ، وليس إنقاذ العبودية أو تدميرها. إذا كان بإمكاني إنقاذ الاتحاد دون تحرير أي عبد ، فسأفعل ذلك ، وإذا كان بإمكاني أن أنقذه بتحرير جميع العبيد ، فسأفعل ذلك ؛ وإذا كان بإمكاني حفظه عن طريق تحرير البعض وترك الآخرين وشأنهم ، فسأفعل ذلك أيضًا. ما أفعله حيال العبودية ، والعرق الملون ، أفعله لأنني أعتقد أنه يساعد في إنقاذ الاتحاد ؛ وما أتحمله ، فأنا أتحمله لأنني لا أعتقد أنه سيساعد على إنقاذ الاتحاد ... لقد بينت هنا هدفي وفقًا لوجهة نظري للواجب الرسمي ؛ وأنا لا أنوي أي تعديل في رغبتي الشخصية التي أعرب عنها كثيرًا في أن يكون جميع الرجال في كل مكان أحرارًا.
احتوى كتابه ، نظريات الكيمياء الحديثة ، الذي بدأ كتابته في بريسلاو عام 1862 وتم نشره بعد ذلك بعامين ، على نسخة مبكرة من الجدول الدوري الذي يحتوي على 28 عنصرًا ، مصنفة العناصر إلى ست عائلات حسب تكافؤهم - لأول مرة ، تم تجميع العناصر حسب تكافؤهم. يعمل على تنظيم العناصر بالوزن الذري ، حتى ذلك الحين تم إعاقة كل الدراسات التي تقسم العناصر طبقا للوزن الذري بسبب الاستخدام الواسع النطاق للأوزان المكافئة للعناصر ، بدلاً من الأوزان الذرية.
هُزم بوب بعد ذلك في معركة بول ران الثانية في صيف عام 1862 ، مما أجبر جيش بوتوماك على العودة للدفاع عن واشنطن. على الرغم من عدم رضاه عن فشل ماكليلان في تعزيز بوب ، أعاده لينكولن لقيادة جميع القوات حول واشنطن.
عبرت قوات الجنرال روبرت إي لي نهر بوتوماك إلى ماريلاند ، مما أدى إلى معركة أنتيتام. كانت تلك المعركة ، انتصار لالاتحاد ، من أكثر المعارك دموية في التاريخ الأمريكي. سهلت إعلان تحرير لينكولن في يناير.
كان جيش كمبرلاند أحد جيوش الاتحاد الرئيسية في المسرح الغربي خلال الحرب الأهلية الأمريكية. كان يعرف في الأصل باسم جيش ولاية أوهايو. يعود أصل جيش كمبرلاند إلى إنشاء جيش أوهايو في نوفمبر 1861، تحت قيادة العميد. الجنرال روبرت أندرسون.
شن بيرنسايد ، خلافًا للنصيحة الرئاسية ، هجومًا عبر نهر راباهانوك وخسر أمام لي في فريدريكسبيرغ في ديسمبر. وصلت الهجرات خلال عام 1863 بالآلاف ولم تزد إلا بعد فريدريكسبيرغ ، لذلك استبدل لينكولن بيرنسايد بجوزيف هوكر.