ولد أيمن الظواهري عام 1951 في حي المعادي بالقاهرة في مملكة مصر آنذاك ، لمحمد ربيع الظواهري وأميمة عزام.
في سن الرابعة عشرة ، انضم الظواهري إلى جماعة الإخوان المسلمين. ساعد الظواهري مع أربعة طلاب ثانويين آخرين في تشكيل "خلية سرية مكرسة لقلب نظام الحكم وإقامة دولة إسلامية". في هذه السن المبكرة ، طور الظواهري مهمة في الحياة ، "لوضع رؤية قطب موضع التنفيذ". واندمجت خليته في النهاية مع خلايا أخرى لتشكيل الجهاد أو الجهاد الإسلامي المصري.
يقال إن أيمن الظواهري كان شابا مجتهدًا. برع أيمن في المدرسة ، أحب الشعر ، و "كره الرياضات العنيفة" - التي اعتقد أنها "غير إنسانية". درس الظواهري الطب في جامعة القاهرة وتخرج في عام 1974 بتقدير جيد جدا ، ثم حصل على الماجستير في الجراحة عام 1978.
في عام 1978 تزوج الظواهري من زوجته الأولى عزة أحمد نواري ، طالبة في جامعة القاهرة كانت تدرس الفلسفة. كان حفل زفافهما ، الذي أقيم في فندق كونتيننتال في ساحة الأوبرا ، محافظًا للغاية ، مع وجود مناطق منفصلة لكل من الرجال والنساء ، ولا توجد موسيقى أو صور فوتوغرافية أو دعابة خفيفة.
في عام 1981 ، كان الظواهري واحدًا من مئات المعتقلين في أعقاب اغتيال الرئيس أنور السادات.
التقى أيمن الظواهري بن لادن لأول مرة في جدة في عام 1986 ، كجراح مؤهل ، حسبما ورد ، عندما اندمجت منظمته مع تنظيم القاعدة بزعامة بن لادن ، وأصبح المستشار الشخصي لابن لادن والطبيب.
بدأ الظواهري في إعادة تشكيل الجهاد الإسلامي المصري (EIJ) جنبا إلى جنب مع المسلحين المنفيين الآخرين. كانت للجماعة "علاقات فضفاضة للغاية مع زعيمهم المسجون الاسمي عبود الزمر". في عام 1991 ، انفصلت EIJ عن الزمر ، واستولى الظواهري على "مقاليد السلطة" ليصبح زعيم EIJ.
كان هجوم عام 1995 على السفارة المصرية في إسلام أباد ، باكستان ، أول نجاح للجهاد الإسلامي المصري تحت قيادة الظواهري ، لكن بن لادن لم يوافق على العملية. وأدى القصف إلى تنفير باكستان التي كانت "أفضل طريق إلى أفغانستان".
في 1 ديسمبر 1996 ، اصطحب أحمد سلامة مبروك ومحمود هشام الحناوي - وكلاهما يحمل جوازات سفر مزورة - الظواهري في رحلة إلى الشيشان ، حيث كانا يأملان في إعادة تأسيس الجهاد المتعثر. كان قائدهم يسافر تحت الاسم المستعار عبد الله إمام محمد أمين ، ويتاجر بأوراق اعتماده الطبية من أجل الشرعية. قامت المجموعة بتبديل المركبات ثلاث مرات ، ولكن تم القبض عليها في غضون ساعات من دخول الأراضي الروسية وقضت خمسة أشهر في سجن محج قلعة في انتظار المحاكمة.
في أبريل 1997 ، حكم على الثلاثي (أحمد سلامة مبروك - محمود هشام الحناوي - الظواهري) بالسجن ستة أشهر ، ثم أطلق سراحهم بعد ذلك بشهر وهربوا دون أن يدفعوا للمحامي الذي عينتهم المحكمة أبو الخالق عبد السلاموف أتعابه القانونية البالغة 1800 دولارادعاء "فقرهم".
وأثناء وجوده هناك علم الظواهري عن تنظيم "مبادرة اللاعنف" في مصر لإنهاء حملة الإرهاب التي قتلت المئات وأسفرت عن حملة قمع حكومية أدت إلى سجن الآلاف. وقد عارض الظواهري بغضب هذا "الاستسلام" في رسائل لصحيفة الشرق الأوسط اللندنية. جنبا إلى جنب مع أعضاء الجماعة الإسلامية ، ساعد في تنظيم هجوم واسع النطاق على السياح في معبد حتشبسوت لتخريب المبادرة من خلال استفزاز الحكومة للقمع. نجح هجوم ستة رجال يرتدون زي الشرطة في إطلاق نيران الرشاشات والقرصنة حتى الموت على 58 سائحا أجنبيا وأربعة مصريين.
في عام 1998 ، دمج الظواهري رسميًا الجهاد الإسلامي المصري في تنظيم القاعدة. وبحسب تقارير لعضو سابق في القاعدة ، فقد عمل في تنظيم القاعدة منذ نشأته وكان عضوا بارزا في مجلس شورى الجماعة. وكثيرا ما كان يوصف بأنه "ملازم" لأسامة بن لادن ، على الرغم من أن كاتب سيرة بن لادن الذي اختاره أشار إليه على أنه "العقول الحقيقية" للقاعدة.
في 23 فبراير 1998 ، أصدر الظواهري فتوى مشتركة مع أسامة بن لادن بعنوان "الجبهة الإسلامية العالمية ضد اليهود والصليبيين". يُعتقد أن الظواهري ، وليس بن لادن ، هو المؤلف الفعلي للفتوى.
نظم بن لادن والظواهري مؤتمرا للقاعدة في 24 يونيو 1998. قبل أسبوع من بداية المؤتمر ، غادرت مجموعة من مساعدي الظواهري مسلحين جيدا بسيارات الجيب باتجاه هرات. وفقًا لتعليمات راعيهم ، في بلدة كوه إي دوشاخ ، التقوا بثلاثة رجال مجهولين المظهر السلافي وصلوا من روسيا عبر إيران. بعد وصولهم إلى قندهار ، انفصلوا. اصطحب أحد الروس مباشرة إلى الظواهري ولم يشارك في المؤتمر.
في عام 1998 ، تم إدراج أيمن الظواهري ضمن لائحة الاتهام في الولايات المتحدة لدوره في تفجيرات السفارة الأمريكية عام 1998 ، وهي سلسلة من الهجمات التي وقعت في 7 أغسطس 1998 ، والتي قتل فيها مئات الأشخاص في تفجيرات متزامنة بشاحنة مفخخة. في سفارات الولايات المتحدة في كبرى مدن شرق إفريقيا دار السلام بتنزانيا ونيروبي بكينيا. جلبت الهجمات أسامة بن لادن وأيمن الظواهري إلى الاهتمام الدولي.
كانت مذبحة الأقصر لا تحظى بشعبية لدرجة أنه لم تحدث أي هجمات إرهابية في مصر لعدة سنوات بعد ذلك. وحكمت محكمة عسكرية مصرية على الظواهري بالإعدام غيابيا عام 1999.
لدورهم القيادي في الهجمات ضد الحكومة المصرية في التسعينيات ، حكم على الظواهري وشقيقه محمد الظواهري بالإعدام في قضية 1999 المصرية الخاصة بالعائدين من ألبانيا.
في 12 أكتوبر 2000 ، شجع قصف يو إس إس كول العديد من الأعضاء على المغادرة. ذهب محمد عاطف للهروب من قندهار ، والظواهري إلى كابول ، وفر بن لادن إلى كابول ، وانضم لاحقًا إلى عاطف عندما أدرك أنه لم تكن هناك هجمات انتقامية أمريكية وشيكة.
بعد الغزو الأمريكي لأفغانستان ، لم يُعرف مكان الظواهري ، لكن يُعتقد عمومًا أنه في باكستان القبلية. على الرغم من أنه ينشر مقاطع فيديو لنفسه بشكل متكرر (انظر رسائل أيمن الظواهري) ، إلا أن الظواهري لم يظهر بجانب بن لادن في أي منها بعد عام 2003. ومع ذلك ، على الرغم من سلسلة العمليات ، لم يتمكنوا من القبض عليه.
في 10 أكتوبر / تشرين الأول 2001 ، ظهر الظواهري على القائمة الأولية لأهم 22 إرهابياً مطلوبًا في مكتب التحقيقات الفيدرالي الأمريكي ، والتي أصدرها الرئيس الأمريكي جورج دبليو بوش للجمهور.
في أوائل نوفمبر 2001 ، أعلنت حكومة طالبان أنها ستمنحه الجنسية الأفغانية الرسمية ، وكذلك بن لادن ومحمد عاطف وسيف العدل والشيخ عاصم عبد الرحمن.
قُتلت عزة ، زوجة أيمن الظواهري الأولى ، واثنان من أبنائهما الستة ، محمد وعائشة ، في غارة جوية على أفغانستان شنتها القوات الأمريكية في أواخر ديسمبر / كانون الأول 2001 ، في أعقاب هجمات 11 سبتمبر على الولايات المتحدة بعد قصف جوي أمريكي لمبنى خاضع لحماية طالبان في غارديز ، عزة كانت معلقة تحت حطام سقف دار الضيافة.
في 13 يناير / كانون الثاني 2006 ، شنت وكالة المخابرات المركزية ، بمساعدة المخابرات الباكستانية ، غارة جوية على دامادولا ، وهي قرية باكستانية بالقرب من الحدود الأفغانية حيث اعتقدوا أن الظواهري كان موجودًا. كان من المفترض أن تقتل الغارة الجوية الظواهري ، وقد ورد ذلك في الأخبار الدولية خلال الأيام التالية. ودُفن العديد من ضحايا الغارة الجوية دون الكشف عن هويتهم. زعم مسؤولون حكوميون أمريكيون مجهولون أن بعض الإرهابيين قتلوا وأكدت حكومة منطقة باجور القبلية أن أربعة إرهابيين على الأقل كانوا من بين القتلى.
اندلعت الاحتجاجات المناهضة للولايات المتحدة في جميع أنحاء البلاد ، وأدانت الحكومة الباكستانية الهجوم الأمريكي وفقدان أرواح الأبرياء. في 30 يناير ، تم نشر مقطع فيديو جديد يظهر الظواهري دون أن يصاب بأذى. ناقش الفيديو الغارة الجوية ، لكنه لم يكشف عما إذا كان الظواهري موجودًا في القرية في ذلك الوقت.
في يوليو 2007 ، قدم الظواهري التوجيه لحصار مسجد لال ، الاسم الرمزي عملية الصمت. وهذه هي المرة الأولى المؤكدة التي يتخذ فيها الظواهري خطوات متشددة ضد الحكومة الباكستانية ويوجه المسلحين الإسلاميين ضد دولة باكستان. عثرت قوات الجيش الباكستاني ومجموعة الخدمات الخاصة التي كانت تسيطر على مسجد لال ("المسجد الأحمر") في إسلام أباد على رسائل من الظواهري توجه المسلحين الإسلاميين عبد الرشيد غازي وعبد العزيز غازي ، اللذين كانا يديران المسجد والمدرسة المجاورة. أسفر هذا الصراع عن مقتل 100 شخص.
في 27 ديسمبر 2007 ، تورط الظواهري أيضًا في اغتيال رئيسة الوزراء الباكستانية السابقة بناظير بوتو.
في 30 أبريل 2009 ، أفادت وزارة الخارجية الأمريكية أن الظواهري برز كقائد عملياتي واستراتيجي للقاعدة وأن أسامة بن لادن هو الآن فقط الزعيم الأيديولوجي للتنظيم. ومع ذلك ، بعد وفاة بن لادن عام 2011 ، نُقل عن مسؤول استخباراتي أمريكي كبير قوله إن المعلومات الاستخباراتية التي تم جمعها في الغارة أظهرت أن بن لادن ظل مشاركًا بعمق في التخطيط: "كان هذا المجمع (حيث قتل بن لادن) في أبوت آباد قيادة نشطة - مركز تحكم لزعيم القاعدة ، نشط في التخطيط العملياتي وفي قيادة القرارات التكتيكية داخل القاعدة ".
في 8 يونيو 2011 ، أصدر الظواهري أول فيديو له منذ مقتل أسامة بن لادن ، يشيد ببن لادن ويحذر الولايات المتحدة من هجمات انتقامية ، ولكن دون أن يدعي زعم قيادة القاعدة.
اعتبارًا من 2 مايو 2011 ، أصبح زعيم القاعدة بعد مقتل أسامة بن لادن. وهذا ما أكده بيان صحفي صادر عن القيادة العامة للقاعدة في 16 يونيو / حزيران. وتم الإعلان عن خلافة الظواهري لقيادة القاعدة في عدد من مواقعها على الإنترنت في 16 يونيو / حزيران 2011. وفي نفس اليوم ، جددت القاعدة الموقف القائل إن إسرائيل دولة غير شرعية وأنها لن تقبل أي حل وسط بشأن فلسطين.
في 3 سبتمبر 2014 ، أعلن الظواهري ، في مقطع فيديو مدته 55 دقيقة ، عن تشكيل جناح جديد يسمى تنظيم القاعدة في شبه القارة الهندية (AQIS) ، سيشن الجهاد "لتحرير أرضه ، واستعادة ما كانت عليه. السيادة وإحياء خلافتها ". كان رد فعل المسلمين في الهند على تشكيل الجناح الجديد غضبًا.