تم تعيين رواندا وبوروندي المجاورة لألمانيا من قبل مؤتمر برلين عام 1884، وأقامت ألمانيا هيئة في البلاد في عام 1897 بتشكيل تحالف مع الملك.
في عام 1957، كتبت مجموعة من علماء الهوتو "بيان باهوتو". كانت هذه هي الوثيقة الأولى التي تصنف التوتسي والهوتو على أنهما أعراق منفصلة، ودعت إلى نقل السلطة من التوتسي إلى الهوتو على أساس ما أطلق عليه "القانون الإحصائي".
في 1 نوفمبر عام 1959، تعرض دومينيك مبونيوموتوا، وهو رئيس فرعي للهوتو، لهجوم بالقرب من منزله في بييمانا بمحافظة جيتاراما من قبل أنصار الحزب الموالي للتوتسي. نجا مبونيوموتوا، لكن الشائعات بدأت تنتشر بأنه قُتل.
ورد نشطاء الهوتو بقتل التوتسي، النخبة والمدنيين العاديين، إيذانا ببداية الثورة الرواندية.
في السنوات الأولى لنظام هابياريمانا، كان هناك ازدهار اقتصادي أكبر وتراجع العنف ضد التوتسي.
ومع ذلك، ظل العديد من الشخصيات المتشددة المناهضة للتوتسي، بما في ذلك عائلة السيدة الأولى أغاثا هابياريمانا، التي كانت تُعرف باسم أكازو أو عشيرة دي مدام، واعتمد الرئيس عليهم للحفاظ على نظامه.
عندما غزت الجبهة الوطنية الرواندية عام 1990، استغل هابياريمانا والمتشددون خوف السكان لدفع أجندة مناهضة للتوتسي أصبحت تُعرف باسم قوة الهوتو.
في عام 1990، بدأ الجيش في تسليح المدنيين بأسلحة مثل المناجل، وبدأ تدريب شباب الهوتو على القتال، رسميًا كبرنامج "للدفاع المدني" ضد تهديد الجبهة الوطنية الرواندية، ولكن هذه الأسلحة استخدمت لاحقًا في تنفيذ الإبادة الجماعية.
كما اشترت رواندا أعداداً كبيرة من القنابل اليدوية والذخائر منذ أواخر عام 1990؛ في إحدى الصفقات، قام الأمين العام للأمم المتحدة المستقبلي بطرس غالي، بصفته وزير الخارجية المصري، بتسهيل بيع كميات كبيرة من الأسلحة من مصر.
في الثمانينيات، قاتلت مجموعة من 500 لاجئ رواندي في أوغندا، بقيادة فريد رويجيما، مع جيش المقاومة الوطنية المتمردة في حرب بوش الأوغندية، والتي شهدت يوري موسيفيني الإطاحة بميلتون أوبوتي.
ظل هؤلاء الجنود في الجيش الأوغندي بعد تنصيب موسيفيني كرئيس لأوغندا، لكنهم بدأوا في الوقت نفسه التخطيط لغزو رواندا من خلال شبكة سرية داخل صفوف الجيش. في أكتوبر عام 1990، قاد رويجيما قوة تضم أكثر من 4000 متمرد من أوغندا، وتقدم 60 كم (37 ميل) في رواندا تحت راية الجبهة الوطنية الرواندية.
قُتل رويغيما في اليوم الثالث من الهجوم، ونشرت فرنسا وزائير قوات لدعم الجيش الرواندي، مما سمح لهما بصد الغزو.
تولى نائب رويغيما، بول كاغامي، قيادة قوات الجبهة الوطنية الرواندية، ونظم انسحابًا تكتيكيًا عبر أوغندا إلى جبال فيرونغا ، وهي منطقة وعرة في شمال رواندا. من هناك ، أعاد تسليح الجيش وتنظيمه ، وقام بجمع الأموال والتجنيد من التوتسي في الشتات. أعاد كاجامي الحرب في يناير عام 1991 بهجوم مفاجئ على بلدة روهينغيري الشمالية.
في عام 1992، أنشأ المتشددون حزب التحالف من أجل الدفاع عن الجمهورية، الذي كان مرتبطًا بالحزب الحاكم ولكنه أكثر يمينية، وروج لأجندة تنتقد "ليونة" الرئيس المزعومة مع الجبهة الوطنية الرواندية.
في يونيو عام 1992، بعد تشكيل حكومة ائتلافية متعددة الأحزاب في كيغالي، أعلنت الجبهة الوطنية الرواندية وقف إطلاق النار وبدأت المفاوضات مع الحكومة الرواندية في أروشا، تنزانيا.
في أوائل عام 1993، شكلت العديد من مجموعات الهوتو المتطرفة وبدأت حملات عنف واسعة النطاق ضد التوتسي.
في مارس عام 1993، بدأت قوة الهوتو في تجميع قوائم "الخونة" الذين خططوا لقتلهم، ومن المحتمل أن يكون اسم هابياريمانا مدرجًا في هذه القوائم؛ كان مجلس الإنماء والإعمار (التحالف من أجل الدفاع عن الجمهورية) يتهم الرئيس علانية بالخيانة.
في أكتوبر عام 1993، اغتيل رئيس بوروندي، ملكيور نداداي، الذي تم انتخابه في يونيو كأول رئيس من الهوتو للبلاد، على أيدي ضباط جيش التوتسي المتطرفين.
في 11 يناير عام 1994، أرسل الجنرال روميو دالير، قائد بعثة الأمم المتحدة لمساعدة رواندا، "فاكس الإبادة الجماعية" إلى مقر الأمم المتحدة.
وجاء في الفاكس أن دالير كان على اتصال "بمدرب رفيع المستوى في كادر ميليشيا إنتراهاموي المسلحة التابعة للحركة من أجل الديمقراطية والتنمية".
المخبر - المعروف الآن بأنه سائق ماتيو نجيرومباتسي، قاسم توراتسينزي، المعروف أيضًا باسم "جان بيير" - ادعى أنه قد أُمر بتسجيل جميع التوتسي في كيغالي. وبحسب المذكرة، اشتبه توراتسينزي في التخطيط لارتكاب إبادة جماعية ضد التوتسي ، وقال إنه "في غضون 20 دقيقة يمكن لأفراده قتل ما يصل إلى 1,000 من التوتسي".
ورفض طلب دالير حماية المخبر وعائلته ومداهمة مخابئ الأسلحة التي كشف عنها.
بعد وفاة هابياريمانا، في مساء يوم 6 أبريل، تم تشكيل لجنة للأزمة. وتألفت من اللواء أوغستين ندينديلييمانا، والعقيد تيونيست باغوسورا، وعدد من كبار ضباط الأركان الآخرين. وترأس باغوسورا اللجنة، على الرغم من وجود ندينديلييمانا الأعلى رتبة.
كانت رئيسة الوزراء أجاث أولينجييمانا هي التالية من الناحية القانونية في خط الخلافة السياسية، لكن اللجنة رفضت الاعتراف بسلطتها. التقى روميو دالير باللجنة في تلك الليلة وأصر على تكليف أولينجييمانا بالمسؤولية، لكن باغوسورا رفض، قائلاً إن أولينجييمانا "لا تتمتع بثقة الشعب الرواندي" وإنها "غير قادرة على حكم الأمة".
كما بررت اللجنة وجودها بأنه ضروري لتجنب عدم اليقين بعد وفاة الرئيس. سعى باغوسورا لإقناع بعثة الأمم المتحدة لتقديم المساعدة إلى رواندا والجبهة الوطنية الرواندية بأن اللجنة تعمل على احتواء الحرس الرئاسي، الذي وصفه بأنه "خارج عن السيطرة"، وأنه سيلتزم باتفاق أروشا.
تم تنظيم الإبادة الجماعية من قبل أعضاء النخبة السياسية الأساسية من الهوتو، وشغل العديد منهم مناصب على أعلى المستويات في الحكومة الوطنية.
يتفق معظم المؤرخين على أن الإبادة الجماعية ضد التوتسي قد تم التخطيط لها لمدة عام على الأقل.
ومع ذلك، أدى اغتيال الرئيس الرواندي جوفينال هابياريمانا في 6 أبريل 1994 إلى فراغ في السلطة وأنهى اتفاقات السلام.
بدأت أعمال القتل الجماعي في اليوم التالي عندما قام الجنود والشرطة والميليشيات بإعدام زعماء سياسيين وعسكريين من قبيلة التوتسي ومعتدلين من الهوتو.
في 7 أبريل، مع بدء الإبادة الجماعية، حذر قائد الجبهة الوطنية الرواندية بول كاغامي لجنة الأزمة وبعثة الأمم المتحدة لتقديم المساعدة إلى رواندا من أنه سيستأنف الحرب الأهلية إذا لم يتوقف القتل.
لم تتمكن محكمة رواندا (المحكمة الجنائية الدولية لرواندا) من إثبات وجود مؤامرة لارتكاب الإبادة الجماعية قبل 7 أبريل عام 1994.
في 9 أبريل، شهد مراقبو الأمم المتحدة مذبحة للأطفال في كنيسة بولندية في جيكوندو.
لجأ الآلاف إلى المدرسة الفنية الرسمية (المدرسة الفنية الرسمية) في كيغالي حيث كان يتمركز جنود بعثة الأمم المتحدة لتقديم المساعدة إلى رواندا البلجيكيين.
في 11 أبريل، انسحب الجنود البلجيكيون، وقتلت القوات المسلحة والميليشيات الرواندية جميع التوتسي.
وقعت إحدى هذه المذابح في نياروبوي. في 12 أبريل، لجأ أكثر من 1,500 من التوتسي إلى كنيسة كاثوليكية في نيانج، ثم في بلدية كيفومو.
في 12 أبريل، أعلنت الحكومة البلجيكية، التي كانت من أكبر المساهمين بقوات في بعثة الأمم المتحدة لتقديم المساعدة إلى رواندا، وفقدت عشرة جنود يحمون رئيسة الوزراء أولينجيلييمانا، انسحابها، مما قلل من فعالية القوة بشكل أكبر.
ظهرت الشائعات الأولى عن عمليات القتل التي قامت بها الجبهة الوطنية الرواندية بعد تدفق 250,000 معظمهم من اللاجئين الهوتو إلى تنزانيا عند معبر روسومو الحدودي في 28 أبريل عام 1994.
بعد أن سيطرت الجبهة الوطنية الرواندية على المعبر الحدودي في روسومو في 30 أبريل، واصل اللاجئون عبور نهر كاجيرا، وانتهى بهم الأمر في مناطق نائية في تنزانيا.
خلال الفترة المتبقية من أبريل وأوائل مايو، واصل الحرس الرئاسي وقوة الدرك وميليشيا الشباب، بمساعدة السكان المحليين عمليات القتل بمعدل مرتفع للغاية.
يقدر جيرارد برونير أنه خلال الأسابيع الستة الأولى، ربما قُتل ما يصل إلى 800 ألف رواندي، وهو ما يمثل معدلًا أعلى بخمس مرات مما كان عليه خلال محرقة ألمانيا النازية.
كان الهدف قتل كل التوتسي الذين يعيشون في رواندا، وباستثناء جيش الجبهة الوطنية الرواندية المتقدم، لم تكن هناك قوة معارضة لمنع أو إبطاء عمليات القتل.
بحلول 16 مايو، كانت الجبهة الوطنية الرواندية قد قطعت الطريق بين كيغالي وجيتاراما، المقر المؤقت للحكومة المؤقتة.
بدأت المفوضية السامية للأمم المتحدة لشؤون اللاجئين في الاستماع إلى روايات ملموسة عن الفظائع ونشرت هذه المعلومات على الملأ في 17 مايو.
في 17 مايو عام 1994، أصدرت الأمم المتحدة القرار رقم 918، الذي فرض حظرًا على الأسلحة وعزز بعثة الأمم المتحدة لتقديم المساعدة إلى رواندا، والتي تعرف باسم يونامير الثانية.
ولم يبدأ الجنود الجدد في الوصول حتى يونيو، وبعد انتهاء الإبادة الجماعية في يوليو، اقتصر دور بعثة الأمم المتحدة لتقديم المساعدة إلى رواندا إلى حد كبير على الحفاظ على الأمن والاستقرار، حتى تم إنهاؤها في عام 1996.
بحلول 13 يونيو، استولت الجبهة الوطنية الرواندية على جيتاراما نفسها، بعد محاولة فاشلة من قبل القوات الحكومية الرواندية لإعادة فتح الطريق؛ اضطرت الحكومة المؤقتة إلى الانتقال إلى جيسيني في أقصى الشمال الغربي.
في 23 يونيو، دخل حوالي 2,500 جندي جنوب غرب رواندا كجزء من عملية الأمم المتحدة بقيادة فرنسا، عملية الفيروز.
في نهاية يوليو عام 1994، سيطرت قوات كاغامي على رواندا بأكملها باستثناء المنطقة الواقعة في الجنوب الغربي والتي احتلتها قوة تابعة للأمم المتحدة بقيادة فرنسا كجزء من عملية الفيروز.
يصادف يوم تحرير رواندا يوم 4 يوليو ويحتفل به باعتباره عطلة رسمية.
أغلقت المحكمة الجنائية الدولية لرواندا (المحكمة الجنائية الدولية لرواندا) رسميًا في 31 ديسمبر عام 2015، وتم تسليم مهامها المتبقية إلى آلية المحكمتين الجنائيتين الدوليتين.
في 20 مارس عام 2017، اعترف البابا فرانسيس أنه بينما قُتل بعض الراهبات والكهنة الكاثوليك في البلاد أثناء الإبادة الجماعية.