في 18 أغسطس 1955 ، تمرد أعضاء فيلق الاستواء التابع لقوات الدفاع السودانية التي تديرها بريطانيا في توريت ، وفي الأيام التالية في جوبا وياي ومريدي.
لم تكن الحكومة قادرة على الاستفادة من نقاط ضعف المتمردين بسبب انقساماتهم وعدم استقرارهم. سرعان ما تم استبدال أول حكومة مستقلة في السودان بقيادة رئيس الوزراء إسماعيل الأزهري بتحالف متعثر من مختلف القوى المحافظة ، والذي أطيح بدوره في انقلاب رئيس الأركان الفريق إبراهيم عبود في 1958.
أدى الاستياء من الحكومة العسكرية إلى موجة من الاحتجاجات الشعبية التي أدت إلى تشكيل حكومة مؤقتة في أكتوبر 1964.
في عام 1969 ، تم انتخاب جوردون مورتات ماين بالإجماع كزعيم جديد للجنوب. غير جنوب السودان في هذا الوقت اسمه إلى جمهورية النيل واستأنف الحرب ضد الخرطوم ، لكن بعض قوات الزعيم السابق جادن لم يقبل زعيم الدينكا وقاتل ضد أنانيا.
وقاد الجنوب لأول مرة الزعيم الراحل أجري جادن.
ترك الحركة في عام 1969 بسبب الخلافات السياسية الداخلية.
بعد الانقلاب العسكري الثاني في 25 مايو 1969 ، أصبح العقيد جعفر النميري رئيسًا للوزراء وحظر على الفور الأحزاب السياسية.
في عام 1971 ، شكل الملازم السابق في الجيش جوزيف لاغو انقلابًا ناجحًا ضد جوردون مورتات بمساعدة إسرائيل ، التي تعهدت بدعمها له. ثم جمع كل عصابات حرب العصابات التابعة لحركة تحرير جنوب السودان (SSLM).
أدى القتال بين الفصائل الماركسية وغير الماركسية في الطبقة العسكرية الحاكمة إلى انقلاب آخر في يوليو 1971 وإدارة قصيرة الأمد من قبل الحزب الشيوعي السوداني قبل أن تعيد الفصائل المناهضة للشيوعية السيطرة على البلاد للنميري.
أدت الوساطة بين مجلس الكنائس العالمي (WCC) ومؤتمر الكنائس لعموم إفريقيا (AACC) ، وكلاهما قضى سنوات في بناء الثقة مع المتقاتلين ، في النهاية إلى اتفاق أديس أبابا في مارس 1972 لإنهاء النزاع.