تأسس مطعم بابا جونز في عام 1984 عندما قام "بابا" (جون شناتر) بإخراج صندوق الخزانة (الدولاب) في الجزء الخلفي من حانة والده ميكي لونجي في جيفرسونفيل ، إنديانا. ثم باع سيارته كامارو زيد 28 المصنعة عام 1971 لشراء معدات مستعملة لعمل البيتزا بقيمة 1600 دولار أمريكي وبدأ في بيع البيتزا لعملاء الحانة من الخزانة المحولة.
أصبحت الشركة عامة في عام 1993. وبعد عام كان لديها 500 متجر ، وبحلول عام 1997 افتتحت 1500 متجر.
في عام 1997 ، رفعت بيتزا هت دعوى قضائية ضد بابا جونز بناءً على سلسلة من الإعلانات التي قارنت بين مكونات بابا جونز ومنافسيه. ادعت بيتزا هت بنجاح بأن شعار بابا جون لا يشكل حقيقة حرفية - أن "المكونات الطازجة" لا تمثل بالضرورة بيتزا "أفضل". تم إلغاء هذا الحكم في عام 2000 عندما طعن بابا جون على القرار. على الرغم من تأييد قرار هيئة المحلفين بشأن الإعلانات المضللة ، قررت محكمة الاستئناف أن بيتزا هت فشلت في إثبات ، بموجب متطلبات قانون (لانهام) ، أن الإعلان المضلل والمبالغ فيه كان لهما تأثير مادي على قرارات الشراء الخاصة بالمستهلكين.
يعمل بابا جونز في المملكة المتحدة منذ عام 2001. في يوليو 2015 ، كان لدى الشركة 300 متجر في المملكة المتحدة.
في يناير 2002 ، أصبح بابا جونز أول سلسلة بيتزا وطنية تتيح الطلب عبر الإنترنت لجميع عملائها في الولايات المتحدة.
في 10 يوليو 2004 ، سيطر بابا جونز على ما يقدر بنحو 6.6٪ من السوق ، وفقًا لـ تكنوميك.
في 30 مارس 2006 ، أعلنت شركة الأعلام الستة للترفيه أن متنزه البيتزا ستكون حصريًا من بابا جونز. في المقابل ، تلقت الأعلام الستة رعاية سنوية وفرصًا ترويجية من بابا جونز.
في نوفمبر 2006 ، وقع بابا جونز مع إي إس بي إن (تلفزيون شبكة البرمجة الترفيهية والرياضية الإقليمي) ليصبح بابا جونزالراعي السنوي لبوول، وهي لعبة كرة قدم جامعية في برمنغهام ، ألاباما ، والتي استمر بابا جونز في رعايتها حتى عام 2010.
في عام 2009 ، استعاد شناتر سيارة الكامارو بعد أن عرض مكافأة قدرها 250.000 دولار على مالك السيارة.
في عام 2010 ، وقع بابا جونز اتفاقية ليكون الراعي الرسمي للبيتزا لدوري كرة القدم الوطني وسوبر بوول أكس ايل في ، و أكس ايل في اي ، أكس ايل في اي اي.
في سبتمبر 2012 ، تم افتتاح مطعم بيتزا بابا جونز رقم 4000 في نيو هايد بارك ، نيويورك. احتفلت الشركة بالحدث من خلال تقديم 4000 بيتزا مجانية للعملاء في جميع أنحاء مدينة نيويورك.
إسبانيا هي ثاني أهم سوق أوروبية بالنسبة لبابا جونز. تعمل السلسلة في إسبانيا منذ عام 2016 ، وبسبب نموها السريع ، أصبح لديها بالفعل 42 مطعمًا بحلول أواخر عام 2017. على وجه الخصوص ، حققت المطاعم وجودًا كبيرًا في مقاطعة مدريد مع وجود أكثر من نصف المطاعم الإسبانية هناك. يتوقع بابا جونز افتتاح ما لا يقل عن 100 مطعم في مقاطعة مدريد ، بالإضافة إلى التوسع في مناطق أخرى في جميع أنحاء إسبانيا.
في بولندا ، افتتح بابا جونز أول موقع له في عام 2017.
أعلنت الشركة في 21 ديسمبر 2017 ، أن جون شناتر سيتنحى عن منصب الرئيس التنفيذي لبيتزا بابا جونز في 1 يناير 2018 ، ليحل محله رئيس الشركة الحالي ستيف ريتشي كرئيس تنفيذي للشركة الحالية مع بقاء شناتر في منصب الرئيس في ذلك الوقت.
في فبراير 2018 ، وافق بابا جونز واتحاد كرة القدم الأمريكية بشكل متبادل على إنهاء اتفاقية الرعاية الخاصة بهم ، مما جعل بيتزا هت الراعي الرسمي الجديد لاتحاد كرة القدم الأميركي.
في 11 يوليو 2018 ، أفادت وسائل الإعلام أنه خلال مكالمة هاتفية مع وكالة التسويق التابعة لبابا جونز ، استخدم شناتر كلمة "زنجي" بقوله "العقيد ساندرز يطلق على السود الزنوج وأن ساندرز لم يواجه أبدًا رد فعل شعبي عنيف". زعم شناتر أن الإشارة إلى الاقتباس عن مؤسس كي اف سي كان يهدف إلى نقل كراهيته للعنصرية. بعد المكالمة ، انتقل مالك وكالة التسويق لإنهاء عقده مع بابا جونز. استقال شناتر من رئاسة مجلس الإدارة في نفس اليوم الذي تم فيه الإبلاغ عن الحادث.
في 26 يوليو 2018 ، رفع جون شناتر دعوى قضائية ضد بيتزا بابا جونز لمنحه حق الوصول إلى دفاتر الشركة وسجلاتها بعد أن طردوه من الشركة بعد فضيحة المكالمة الهاتفية. ويصف إجراءات الشركة بأنها "طريقة غير مفسرة وقاسية" لقطع العلاقات بينه وبين الشركة التي أسسها. بالإضافة إلى منعه من الوصول إلى المعلومات ، نفذت الشركة أيضًا "استراتيجية الحبوب السامة" من أجل الحد من فرص شناتر في إعادة شراء حصة الأغلبية في الشركة.
افتتح بابا جونز أول محل لهم في لاهور ، باكستان في أوائل عام 2019.
في 4 فبراير 2019 ، أُعلن أن صندوق ستار بورد فاليو ، الذي لعب دورًا كبيرًا في تحويل سلسلة مطاعم حديقة الزيتون المتعثرة ، سيستثمر 200 مليون دولار في بيتزا بابا جونز وأن ستار بورد قد تستثمر مبلغًا إضافيًا 50 مليون دولار بحلول 29 مارس 2019.
في 5 مارس 2019 ، أعلن بابا جونز عن تسوية مع شناتر يستقيل بموجبها من مجلس إدارة الشركة في الاجتماع السنوي للشركة في 30 أبريل أو عندما يتم تعيين مدير مستقل مقبول من الطرفين ليحل محله ، أيهما يأتي أولاً. وافق شناتر على رفض قضيتين مرفوعتين ضد الشركة وسحب خطته للترشح لمقعد في مجلس الإدارة في الاجتماع السنوي. وافق بابا جونز على إزالة أحكام "العمل الجماعي" من خطة "الحبوب السامة" التي منعت شناتر من التواصل مع مساهمي الشركة الآخرين. أصدر شناتر ، الذي لا يزال يسيطر على 31٪ من أسهم بابا جونز ، بيانًا قال فيه إنه "ممتن لأنني تمكنت من حل هذه المشكلات المهمة" وتمنى أن يتمكن الجميع الآن من "التركيز على أعمال الشركة دون الحاجة إلى مزيد من التقاضي" . وافقت الشركة أيضًا على إزالة شرط يقضي بأن تقوم ستار بورد فاليو ، التي تمتلك حوالي 10٪ من الشركة ، بالتصويت لصالح مجلس الإدارة الحالي.
في 22 مارس 2019 ، تم الإعلان أن شاكيل اونيل عضو قاعة المشاهير للرابطة الوطنية لكرة السلة سينضم إلى مجلس إدارة بابا جونز.
في مايو 2019 ، تم الإعلان عن دخول بابا جونز إلى السوق الألمانية من خلال الاستحواذ على أونو بيتزا ومقرها هالي / سال وتحويل متاجرهم إلى بابا جونز . الهدف هو فتح ما يصل إلى 250 موقعًا في ألمانيا في السنوات الخمس إلى السبع القادمة.