صعدت تشيتشن إيتزا إلى الصدارة الإقليمية في نهاية الفترة الكلاسيكية المبكرة (حوالي 600 م). ومع ذلك ، في نهاية أواخر العصر الكلاسيكي وفي الجزء الأول من العصر الكلاسيكي النهائي ، أصبح الموقع عاصمة إقليمية رئيسية ، مركزية وتهيمن على الحياة السياسية والاجتماعية والثقافية والاقتصادية والأيديولوجية في الأراضي المنخفضة في شمال مايا. يرتبط صعود مدينة تشيتشن إيتزا تقريبًا بانحدار وتجزئة المراكز الرئيسية في الأراضي المنخفضة في جنوب مايا
تم تطوير تخطيط قلب موقع تشيتشن إيتزا خلال مرحلته المبكرة من الاحتلال ، بين 750 و 900 بعد الميلاد. تم تطوير تصميمه النهائي بعد 900 بعد الميلاد ، وشهد القرن العاشر صعود المدينة كعاصمة إقليمية تسيطر على المنطقة من وسط يوكاتان إلى الساحل الشمالي ، حيث تمتد قوتها إلى السواحل الشرقية والغربية لشبه الجزيرة.
تم اكتشاف أقدم تاريخ هيروغليفي في مدينة تشيتشن إيتزا يعادل 832 م ، بينما تم عام 998 تسجيل آخربيانات تم التعرف عليها في معبد أوساريو
وفقًا لبعض مصادر المايا الاستعمارية ، غزا هوناك سيل ، حاكم مايابان ، مدينة تشيتشن إيتزا في القرن الثالث عشر. من المفترض أن هوناك سيل تنبأ بصعوده إلى السلطة. وفقًا للعرف في ذلك الوقت ، يُعتقد أن الأفراد الذين تم إلقاؤهم في سينوتي ساجرادو ( اليئرالمقدس ) يتمتعون بقوة النبوة إذا نجوا. خلال إحدى هذه المراسم ، تذكر السجلات أنه لم يكن هناك ناجون ، لذلك قفز هوناك سيل إلى سينوتي ساغرادو ، وعندما نجا ، تنبأ بصعوده.
في عام 1526 ، نجح الفاتح الإسباني فرانسيسكو دي مونتيجو في تقديم التماس إلى ملك إسبانيا للحصول على ميثاق لغزو يوكاتان. أدت حملته الأولى في عام 1527 ، والتي غطت معظم شبه جزيرة يوكاتان ، إلى تدمير قواته ، لكنها انتهت بإنشاء حصن صغير في زامان ها ، جنوب ما يعرف اليوم بمدينة كانكون.
عاد مونتيجو إلى يوكاتان عام 1531 مع التعزيزات وأسس قاعدته الرئيسية في كامبيتشي على الساحل الغربي. أرسل ابنه ، فرانسيسكو مونتيجو الأصغر ، في أواخر عام 1532 لغزو المناطق الداخلية من شبه جزيرة يوكاتان من الشمال. كان الهدف من البداية هو الذهاب إلى تشيتشن إيتزا وإنشاء عاصمة هناك.
أصبحت المايا أكثر عدائية بمرور الوقت ، وفي النهاية فرضوا حصارًا على الإسبان ، وقطعوا خط إمدادهم إلى الساحل ، وأجبرواهم على حصن أنفسهم بين أنقاض المدينة القديمة. مرت أشهر لكن لم تصل تعزيزات. حاول مونتيجو الأصغر هجومًا شاملاً ضد المايا وفقد 150 من قواته المتبقية. أُجبر على التخلي عن مدينة تشيتشن إيتزا عام 1534 تحت جنح الظلام. بحلول عام 1535 ، تم طرد جميع الأسبان من شبه جزيرة يوكاتان.
عاد مونتيجو في النهاية إلى يوكاتان ، وبتجنيد مايا من كامبيتشي وشامبوتون ، بنى جيشًا هنديًا إسبانيًا كبيرًا وغزا شبه الجزيرة. أصدر التاج الإسباني في وقت لاحق منحة أرض شملت تشيتشن إيتزا وبحلول عام 1588 كانت مزرعة ماشية عاملة.
في عام 1894 ، اشترى قنصل الولايات المتحدة في يوكاتان ، إدوارد هربرت طومسون ، هاسيندا تشيتشن ، التي تضمنت أنقاض تشيتشن إيتزا. لمدة 30 عامًا ، استكشف طومسون المدينة القديمة. تضمنت اكتشافاته أقدم نحت مؤرخ على عتبة في معبد السلسلة الأولية وحفر العديد من القبور في أوساريو (معبد رئيس الكهنة).
في عام 1923 ، منحت الحكومة المكسيكية مؤسسة كارنيجي تصريحًا مدته 10 سنوات (تم تمديده لاحقًا 10 سنوات أخرى) للسماح لعلماء الآثار الأمريكيين بإجراء أعمال تنقيب واسعة النطاق وترميم مدينة تشيتشن إيتزا.
قام باحثو كارنيجي بحفر وترميم معبد ووريورز وكاراكول ، ضمن المباني الرئيسية الأخرى.
في الوقت نفسه ، قامت الحكومة المكسيكية بالتنقيب وترميم إلكاستيلو (معبد كوكولكان) و ملعب كرة المايا الضخم .
في عام 1926 ، اتهمت الحكومة المكسيكية إدوارد طومسون بالسرقة ، بدعوى أنه سرق القطع الأثرية من سينوتي ساجرادو وقام بتهريبها إلى خارج البلاد. استولت الحكومة على هاسيندا تشيتشن.
لم يعد طومسون ، الذي كان في الولايات المتحدة في ذلك الوقت ، إلى يوكاتان.
كتب عن أبحاثه وتحقيقاته حول ثقافة المايا في كتاب شعب الثعبان نُشر عام 1932. وتوفي في نيو جيرسي عام 1935.
كانت هناك رحلتان لاحقتان لاستعادة القطع الأثرية من سينوتي ساجرادو ، في عامي 1961 و 1967. الأولى كانت تحت رعاية ناشيونال جيوغرافيك ، والثانية برعاية افراد مهتمين يالامر.
تم الإشراف على كلا المشروعين من قبل المعهد الوطني المكسيكي للأنثروبولوجيا والتاريخ (INAH). بذلت INAH جهودًا متواصلة للتنقيب عن المعالم الأخرى في المنطقة الأثرية وترميمها ، بما في ذلك أوساريو و اكابب دزيب والعديد من المباني في تشيتشن فيجو (تشيتشن القديمة).