في 10 أغسطس 2006، أكمل إبراهيموفيتش انتقالًا بقيمة 24.8 مليون يورو إلى إنتر ميلان، حيث وقع صفقة لمدة أربع سنوات، وجاء هذا بعد أيام قليلة فقط من إكمال لاعب خط الوسط البالغ من العمر 30 عامًا باتريك فييرا انتقاله من يوفنتوس إلى النيرازوري.
كشف إبراهيموفيتش أنه كان يشجع إنتر عندما كان صغيرا.