ظهر إبراهيموفيتش لأول مرة مع إنتر في 26 أغسطس 2006 ضد روما في كأس السوبر الإيطالي 2006، حيث لعب 90 دقيقة كاملة حيث فاز إنتر بعد الوقت الإضافي.