في عام 2000، ترشح بيريز لولاية مدتها سبع سنوات كرئيس لإسرائيل، وهو منصب رئيس الدولة الشرفي الذي يأذن عادة بإختيار رئيس الوزراء. لكنه خسر أمام مرشح الليكود موشيه قصاب.