اعتقل خالد شيخ محمد في 1 مارس 2003، في روالبندي، باكستان، من قبل مسؤولي الأمن الباكستانيين العاملين مع وكالة المخابرات المركزية.
ثم احتُجز في عدة سجون سرية تابعة لوكالة المخابرات المركزية وخليج جوانتانامو حيث تم استجوابه وتعذيبه بطرق من بينها الإيهام بالغرق.
