في فبراير عام 1866، عارض جونسون التشريع الذي يوسع مكتب فريدمن ويوسع سلطاته. كان الكونجرس غير قادر على تجاوز حق النقض.
بعد ذلك، استنكر جونسون الممثل الجمهوري الراديكالي ثاديوس ستيفنز والسيناتور تشارلز سومنر، مع إلغاء عقوبة إعدام ويندل فيليبس، باعتبارهم خونة.
