في أعقاب الهجمات، حاول عشرات الآلاف من الأشخاص الفرار من أفغانستان بسبب احتمال انتقام عسكري من قبل الولايات المتحدة. وأغلقت باكستان، التي كانت بالفعل موطنًا للعديد من اللاجئين الأفغان من الصراعات السابقة، حدودها مع أفغانستان في 17 سبتمبر 2001.
