Lincoln a remplacé le secrétaire à la Guerre Simon Cameron par Edwin Stanton
Lincoln surveillait minutieusement les rapports télégraphiques arrivant au département de la Guerre. Il suivait toutes les phases de l'effort, consultant les gouverneurs et sélectionnant les généraux en fonction de leur succès, de leur État et de leur parti. En janvier 1862, après des plaintes concernant l'inefficacité et le profit au sein du département de la Guerre, Lincoln a remplacé le secrétaire à la Guerre Simon Cameron par Edwin Stanton. Stanton a centralisé les activités du département de la Guerre, auditant et annulant des contrats, économisant ainsi 17 000 000 $ au gouvernement fédéral.
