Mối quan hệ của Du Bois với những người cộng sản nổi tiếng đã khiến ông trở thành một gánh nặng cho NAACP, đặc biệt là khi FBI bắt đầu điều tra mạnh mẽ những người cảm tình cộng sản; vì vậy – theo thỏa thuận chung – ông đã từ chức khỏi NAACP lần thứ hai vào cuối năm 1948.
