Trong thời gian này, ông liên tục vận động cho sự đoàn kết và hòa bình trong nội bộ Đông Timor, và thường được coi là nhà lãnh đạo trên thực tế của quốc gia mới nổi. Các cuộc bầu cử được tổ chức vào cuối năm 2001 và Gusmão được chín đảng ủng hộ nhưng không phải bởi Fretilin.
