يُعتقد ان ميلاد الحاكم كان فى يوم الخميس 3 ربيع الأول سنة 985 (375 هـ). والده الخليفة العزيز بالله له زوجان. كانت أحدهم أم الولد ولا تُعرف إلا بلقب السيدة العزيزية (ت 385/995).

تعتبر العزيزة والدة ست الملك ، إحدى أشهر النساء في التاريخ الإسلامي ، والتي كانت على علاقة عاصفة مع أخيها غير الشقيق الحاكم ، وربما تكون قد قتلته. زعم البعض ، مثل المؤرخ الصليبي ويليام من صور ، أن العزيزة كانت أيضًا والدة الخليفة الحاكم ، رغم أن معظم المؤرخين يرفضون ذلك. كانت مسيحية ملكية ، عين الخليفة العزيز شقيقيها بطاركة على الكنيسة الملكية. تقول مصادر مختلفة إن أحد أشقائها أو والدها أرسله العزيز كسفير في صقلية.

كان والد الحاكم قد قصد من الخصي برجوان أن يتصرف كوصي إلى أن يبلغ الحاكم سنه بما يكفي ليحكم بنفسه. كان لابن عمار والقاضي محمد بن النعمان أن يساعدا في ولاية الخليفة الجديد. وبدلاً من ذلك ، استولى الحسن بن عمار (زعيم كتامة) على الفور على منصب "رئيس الوزراء" في وسيطة من عيسى بن نسطور. في ذلك الوقت ، تم دمج مكتب "سكرتيرة الخارجية" في السفارة داخل هذا المنصب. ثم أخذ ابن عمار لقب أمين الدولة "من يثق في الإمبراطورية". كانت هذه هي المرة الأولى التي ارتبط فيها مصطلح "إمبراطورية" بالدولة الفاطمية.

في عام 1004، أصدر الحكيم مرسومًا يقضي بأن المسيحيين لم يعد بإمكانهم الاحتفال بعيد الغطاس أو عيد الفصح.

في مجال التعليم والتعلم ، كان من أهم مساهمات الحاكم تأسيس دار العالم (بيت المعرفة) أو دار الحكمة عام 1005. تم تدريس مجموعة واسعة من الموضوعات بدءًا من القرآن والحديث إلى الفلسفة وعلم الفلك في دار العالم ، التي كانت مجهزة بمكتبة ضخمة. كان الوصول إلى التعليم متاحًا للجمهور ، وتلقى العديد من الدعاة الفاطميين على الأقل جزءًا من تدريبهم في هذه المؤسسة التعليمية الرئيسية التي خدمت الدعوة الإسماعيلية (الرسالة) حتى سقوط الدولة الفاطمية.

من 996 إلى 1006 عندما كان مستشاريه يؤدون معظم الوظائف التنفيذية للخليفة ، كان الحاكم الشيعي "يتصرف مثل الخلفاء الشيعة ، الذين نجحوا في ذلك ، مبديًا موقفًا معاديًا تجاه المسلمين السنة ، في حين أن الموقف تجاه" أهل الكتاب - يهود ومسيحيون - كان لديهم تسامح نسبي في مقابل ضريبة الجزية.

تدمير الحاكم لكنيسة القيامة عام 1009.

كان الخصم الأكثر صرامة وثباتًا للحاكم هو الخلافة العباسية في بغداد ، والتي سعت إلى وقف تأثير الإسماعيلية. أدت هذه المنافسة إلى بيان بغداد لعام 1011 ، حيث ادعى العباسيون أن الخط الذي يمثله الحاكم لا ينحدر بشكل شرعي من علي. اتسم عهد الحاكم باضطراب عام. كان الجيش الفاطمي مضطربًا بسبب التنافس بين فصيلين متعارضين ، الأتراك والبربر.

من عام 1007 إلى 1012 "كان هناك موقف متسامح بشكل ملحوظ تجاه السنة وأقل حماسًا للإسلام الشيعي ، بينما كان الموقف تجاه" أهل الكتاب "عدائيًا ، وغاضبًا على ما يبدو مما اعتبره الاحتيال الذي مارسه الرهبان. في نزول النار المقدسة "معجزة النور المقدس" ، الذي يتم الاحتفال به سنويًا في الكنيسة خلال عشية عيد الفصح. أشار المؤرخ يحيى إلى أنه "تم فقط تلك الأشياء التي كان من الصعب جدًا هدمها". تم حظر المواكب ، وبعد بضع سنوات قيل إن الأديرة والكنائس في فلسطين قد تم تدميرها أو مصادرتها ، وفي عام 1042 فقط تعهد الإمبراطور البيزنطي قسطنطين التاسع بإعادة بناء القبر المقدس بإذن من الخليفة الحاكم.

في نهاية المطاف ، سمح الحاكم للمسيحيين واليهود الذين تحولوا إلى الإسلام قسراً بالعودة إلى دينهم وإعادة بناء دور العبادة التي دمرها. في الواقع ، من 1012 إلى 1021 أصبح الحاكم أكثر تسامحًا تجاه اليهود والمسيحيين وعداءً للسنة. ومن المفارقات أنه طور موقفًا معاديًا بشكل خاص تجاه الشيعة المسلمين. خلال هذه الفترة ، في عام 1017 ، بدأ المذهب الفريد للدروز بالتطور كدين مستقل قائم على وحي (كشف) الحاكم كديانة إلهية.

في السنوات الأخيرة من حكمه ، أظهر الحكيم ميلًا متزايدًا نحو الزهد وانسحب للتأمل بانتظام. في ليلة 12/13 فبراير 1021 وفي سن الخامسة والثلاثين ، غادر الحاكم في إحدى رحلاته الليلية إلى تلال المقطم خارج القاهرة ولم يعد أبدًا. وجد البحث فقط حماره وملابسه الملطخة بالدماء. ظل الاختفاء لغزا ، على الرغم من أنه من المحتمل أن تكون أخته ست الملك قد رتبت لاغتياله ، بسبب معارضتها لسياسته المتعصبة. وخلف الحاكم ابنه الصغير علي الظاهر تحت وصاية ست الملك.