بعد فترة وجيزة من نجاح الثورة الكوبية، تطورت الجماعات المناهضة للثورة في محاولة للإطاحة بالنظام الجديد. القيام بهجمات مسلحة ضد القوات الحكومية. في 3 أبريل عام 1961، أسفر هجوم بالقنابل على ثكنات الميليشيات في بايامو عن مقتل أربعة من المليشيات وإصابة ثمانية آخرين.
كانت إدارة أيزنهاور قد وضعت خطة للإطاحة بنظام فيدل كاسترو في كوبا. بقيادة وكالة المخابرات المركزية (CIA) ، بمساعدة من الجيش الأمريكي ، كانت الخطة لغزو كوبا من قبل تمرد معاد للثورة يتألف من المنفيين الكوبيين المدربين من الولايات المتحدة والمناهضين لكاسترو بقيادة ضباط وكالة المخابرات المركزية شبه العسكرية. كان القصد من ذلك غزو كوبا والتحريض على انتفاضة بين الشعب الكوبي ، على أمل إزاحة كاسترو من السلطة. وافق كينيدي على خطة الغزو النهائية في 4 أبريل 1961.
في 4 أبريل عام 1961، وافق الرئيس كينيدي بعد ذلك على خطة خليج الخنازير (المعروفة أيضًا باسم عملية زاباتا)، لأنها كانت تحتوي على مطار طويل بما فيه الكفاية، وكانت بعيدة عن مجموعات كبيرة من المدنيين من خطة ترينيداد، وكانت أقل "صاخبة" "عسكريا، مما يجعل رفض التدخل الأمريكي المباشر أكثر معقولية. تم تغيير منطقة هبوط الغزو إلى الشواطئ المطلة على باهيا دي كوشينوس (خليج الخنازير) في مقاطعة لاس فيلاز.
في 9 أبريل عام 1961، بدأ اللواء 2506 من الأفراد والسفن والطائرات في النقل من غواتيمالا إلى بويرتو كابيزاس. تم استخدام طائرات كورتيس C-46s أيضًا للنقل بين ريتالهوليو وقاعدة وكالة الإستخبارات المركزية (التي تحمل الاسم الرمزي جيه إم تايد، المعروف أيضًا باسم هابي فالي) في بويرتو كابيزاس.
علمت أجهزة الأمن الكوبية أن الغزو كان قادمًا، عبر شبكة استخباراتها السرية الواسعة. ومع ذلك، قبل أيام من الغزو، نُفِّذت أعمال تخريبية متعددة، مثل حريق إل إنكانتو، وهو حريق متعمد في متجر متعدد الأقسام في هافانا في 13 أبريل أسفر عن مقتل عامل متجر واحد.
في 15 أبريل، بدأت الشرطة الوطنية الكوبية، بقيادة إيفيجينيو أميجيراس، عملية اعتقال آلاف الأشخاص المشتبه في معارضتهم للثورة، واحتجازهم في مواقع مؤقتة مثل مسرح كارل ماركس، وخندق فورتاليزا دي لا كابانا وبرنسيب. قلعة برينسيب في هافانا ومنتزه البيسبول في ماتانزاس.
في ليلة 14-15 إبريل، تم التخطيط لإنزال غير مباشر بالقرب من باراكوا بمقاطعة أورينت، من قبل حوالي 164 من المنفيين الكوبيين بقيادة هيجينيو نينو دياز، وعادت زوارق الاستطلاع إلى السفينة بعد أن اكتشف أطقمها أنشطة لقوات المليشيات الكوبية على طول الساحل. ونتيجة لهذه الأنشطة، انطلقت طلعة استطلاعية، عند الفجر، فوق منطقة باراكوا من سانتياغو دي كوبا. كانت تلك طائرة إف يه آر (فيزيرا إيريا ريفولشناريا) (سلاح الجو الكوبي) من طراز T-33، بقيادة الملازم أول أوريستيس أكوستا، وتحطمت في البحر.
بعد حوالي 90 دقيقة من إقلاع طائرات B-26 الثمانية من بويرتو كابيزاس لمهاجمة المطارات الكوبية، غادرت طائرة أخرى من طراز B-26 في رحلة خادعة أخذتها بالقرب من كوبا لكنها اتجهت شمالًا نحو فلوريدا. مثل مجموعات الانتحاريين، كانت تحمل علامات سلاح الجو الكوبي مزيفة ونفس الرقم 933 كما هو مرسوم على اثنين على الأقل من المجموعات الأخرى. قبل المغادرة، قام أفراد وكالة المخابرات المركزية بإزالة القلنسوة من أحد محركي الطائرة، وأطلقوا النار عليهم، ثم أعيدوا تركيبها لإعطاء مظهر كاذب أن الطائرة تعرضت لنيران أرضية في وقت ما أثناء رحلتها. على مسافة آمنة شمال كوبا، قام الطيار بتغطية المحرك بثقوب الرصاص المثبتة مسبقًا في القلنسوة، وأجرى مكالمة لاسلكية، وطلب الإذن الفوري للهبوط في مطار ميامي الدولي. هبط وسيارة إلى المنطقة العسكرية بالمطار بالقرب من طائرة تابعة للقوات الجوية C-47 واستقبلته عدة سيارات حكومية. كان الطيار ماريو زونيغا، الذي كان يعمل سابقًا في القوات الجوية الكوبية تحت قيادة باتيستا، وبعد الهبوط، تنكر بزي "خوان جارسيا" وادعى علنًا أن ثلاثة من زملائه قد انشقوا أيضًا عن سلاح الجو الكوبي.
في 15 أبريل، قصفت طائرات B-26 "بي-26" التي زودتها بها وكالة المخابرات المركزية ثلاثة مطارات عسكرية كوبية. أعلنت الولايات المتحدة أن الجناة كانوا منشقين عن طياري القوات الجوية الكوبية، لكن كاسترو كشف هذه المزاعم على أنها معلومات مضللة كاذبة.
في 15 أبريل عام 1961، في حوالي الساعة 06:00 صباحًا بالتوقيت المحلي الكوبي، هاجمت ثماني قاذفات قنابل دوغلاس "بي -26 بي إنفيدر" في ثلاث مجموعات في وقت واحد ثلاثة مطارات كوبية في سان أنطونيو دي لوس بانيوس وفي سيوداد ليبرتاد (المعروف سابقًا باسم كامبو كولومبيا)، وكلاهما بالقرب من هافانا، بالإضافة إلى مطار أنطونيو ماسيو الدولي في سانتياغو دي كوبا.
في الساعة 10:30 من صباح يوم 15 أبريل في الأمم المتحدة، اتهم وزير الخارجية الكوبي راؤول روا الولايات المتحدة بشن هجمات جوية عدوانية على كوبا، وبعد ظهر ذلك اليوم قدم اقتراحًا رسميًا إلى اللجنة السياسية (الأولى) للجمعية العامة للأمم المتحدة. قبل أيام فقط، حاولت وكالة المخابرات المركزية دون جدوى إغراء راؤول روا للانشقاق.
في وقت متأخر من يوم 16 أبريل، تقاربت أسطول الغزو التابع لوكالة المخابرات المركزية / الفرقة 2506 في "نقطة التقاء زولو"، على بعد حوالي 65 كيلومترًا (40 ميلًا) جنوب كوبا، بعد أن أبحروا من بويرتو كابيزاس في نيكاراغوا حيث تم تحميلهم بالقوات والمواد الأخرى، بعد تحميل الأسلحة والإمدادات في نيو أورلينز.
في حوالي الساعة 06:50، جنوب بلايا لارجا، تعرضت هيوستن لأضرار جراء عدة قنابل وصواريخ من سي فيوري و "T-33"، وبعد حوالي ساعتين قام القبطان لويس مورس بتعمد شواطئها على الجانب الغربي من الخليج. تم تفريغ حوالي 270 جنديًا، لكن حوالي 180 من الناجين الذين كافحوا على الشاطئ لم يتمكنوا من المشاركة في المزيد من العمليات بسبب فقدان معظم أسلحتهم ومعداتهم. كانت خسارة هيوستن ضربة كبيرة للبطاريات حيث كانت تلك السفينة تحمل الكثير من الإمدادات الطبية للواء 2506، مما يعني أن الجرحى كان عليهم الاكتفاء بالرعاية الطبية غير الكافية.
في حوالي الساعة 7:00 صباحًا، هاجمت طائرتان غازيتان من طراز تحرير القوات الجوية "B-26" سفينة مرافقة البحرية الكوبية البائير وأغرقتا في نويفا جيرونا على جزيرة باينز. ثم انتقلوا إلى جيرون للانضمام إلى طائرتين أخريين من طراز B-26 لمهاجمة القوات البرية الكوبية وتوفير غطاء جوي إلهاء للمظلات C-46s وسفن CEF التي تتعرض لهجوم جوي.
في حوالي الساعة 07:30، أسقطت خمس طائرات نقل من طراز C-46 وواحدة من طراز C-54 177 مظليًا من كتيبة المظلات التابعة للواء 2506 في عملية أطلق عليها اسم عملية فالكون. تم إسقاط حوالي 30 رجلاً، بالإضافة إلى معدات ثقيلة، جنوب مصنع السكر في وسط أستراليا على الطريق المؤدي إلى بالبيتي وبلايا لارغا، لكن المعدات ضاعت في المستنقعات، وفشلت القوات في سد الطريق. تم إسقاط القوات الأخرى في سان بلاس، في جوكوما بين كوفادونجا وسان بلاس، وفي هوركويتاس بين ياغواراماس وسان بلاس. وقد تم الإبقاء على تلك المواقع التي أغلقت الطرق لمدة يومين، معززة بقوات برية من بلايا جيرون ودبابات.
في حوالي الساعة 08:30، تحطمت طائرة من سلاح الجو الكوبي طراز سي فيوري بقيادة كارلوس أولوا أراوز في الخليج، بسبب مراوغة أو نيران مضادة للطائرات، بعد مواجهة طائرة تحرير القوات الجوية "طرازC-46" عائدة جنوبًا بعد إسقاط المظليين.
بحلول الساعة 09:00، بدأت القوات والميليشيات الكوبية من خارج المنطقة بالوصول إلى مصنع السكر في وسط أستراليا، كوفادونجا وياغواراماس. على مدار اليوم، تم تعزيزهم بمزيد من القوات والدروع الثقيلة ودبابات "T-34" التي كانت تُحمل عادة على شاحنات مسطحة.
في حوالي الساعة 09:30، أطلقت سلاح الجو الكوبي طراز سي فيوريز و T-33 صواريخ على ريو إسكونديدو، والتي 'انفجرت' وغرقت على بعد حوالي 3 كيلومترات (1.9 ميل) جنوب جيرون. تم تحميل ريو إسكونديدو بوقود الطائرات وعندما بدأت السفينة تحترق، أصدر القبطان أمرًا بمغادرة السفينة مع تدمير السفينة في ثلاثة انفجارات بعد ذلك بوقت قصير. لم تحمل ريو إسكونديدو الوقود فحسب، بل حملت أيضًا ما يكفي من الذخيرة والمواد الغذائية والإمدادات الطبية لتستمر عشرة أيام، بالإضافة إلى الراديو الذي سمح للواء بالتواصل مع قوات التحرير الجوية. تعني خسارة سفينة الاتصالات ريو إسكونديدو أن سان رومان كانت قادرة فقط على إصدار أوامر للقوات في بلو بيتش، ولم يكن لديه أي فكرة عما كان يحدث في ريد بيتش أو مع المظليين.
بحلول الساعة 11:00 تقريبًا، بدأت طائرتا الشحن المتبقيتان كاريب وأتلانتيكو، و وكالة الإستخبارات المركزية و"مرفق سفن الإنزال"، في التراجع جنوبًا إلى المياه الدولية، ولكن لا تزال طائرات سلاح الجو الكوبي تلاحقها. في حوالي الظهيرة، انفجرت طائرة سلاح الجو الكوبي من طراز "B-26" بسبب نيران كثيفة مضادة للطائرات من بلاغار، وفقد الطيار لويس سيلفا تابلادا (في طلعته الثانية) وطاقمه المكون من ثلاثة أفراد.
في الساعة 2:30 بعد الظهر، أقامت مجموعة من رجال الميليشيات من الكتيبة 339 موقعًا تعرض لهجوم من دبابات "M41 ووكر بولدوج"، التي ألحقت خسائر فادحة بالمدافعين. يُذكر هذا العمل في كوبا باسم "مذبحة الكتيبة المفقودة" حيث قضى معظم رجال الميليشيات.
في حوالي الساعة 21:00 يوم 17 أبريل عام 1961، فشلت غارة جوية ليلية من قبل ثلاث طائرات تحرير القوات الجوية من طراز "B-26" على مطار سان أنطونيو دي لوس بانيوس، بسبب عدم الكفاءة وسوء الأحوال الجوية. أجهضت طائرتان أخريان من طراز "B-26" المهمة بعد الإقلاع. تزعم مصادر أخرى أن النيران الثقيلة المضادة للطائرات أخافت أطقم الطائرات مع حلول الليل، انسحب أتلانتيكو وكاريبي من كوبا ليتبعهما بلاغار وباربرا.
استندت وكالة المخابرات المركزية والجبهة الثورية الديمقراطية إلى جيش قوامه 1,400 جندي، الفرقة 2506، في نيكاراغوا. في ليلة 16 إلى 17 أبريل، هبطت الفرقة 2506 على طول خليج الخنازير في كوبا واشترك في معركة بالأسلحة النارية مع مليشيا ثورية محلية.
في ليلة 16/17 أبريل، قام عملاء وكالة المخابرات المركزية الأمريكية بتنظيم عملية إنزال تحريف وهمية بالقرب من باهيا هوندا، مقاطعة بينار ديل ريو. قدم أسطول صغير يحتوي على معدات تبث أصواتًا وآثارًا أخرى لهبوط الغزو المحمول على متن السفن مصدر التقارير الكوبية التي أغرت فيدل كاسترو لفترة وجيزة بعيدًا عن منطقة جبهة القتال في خليج الخنازير.
في حوالي الساعة 00:00 يوم 17 أبريل عام 1961، دخل اثنان من وكالة الإستخبارات المركزية إل سي آي بلاغار وباربارا جيه، ولكل منهما `ضابط عمليات ` في وكالة المخابرات المركزية وفريق التدمير تحت الماء المكون من خمسة رجال ضفادع بشرية، إلى خليج الخنازير (باهيا دي كوتشينوس) في الساحل الجنوبي لكوبا. قادوا قوة من أربع سفن نقل (هيوستن وريو إسكونديدو وكاريبي وأتلانتيكو) تحمل حوالي 1,400 من القوات البرية الكوبية المنفية من اللواء 2506، بالإضافة إلى دبابات اللواء M41 ووكر بولدوج، ومركبات أخرى في زورق الإنزال.
في 17 أبريل عام 1961، غزا 1400 منفيين كوبيين دربتهم الولايات المتحدة كوبا أثناء غزو خليج الخنازير. لم يلعب غيفارا دورًا رئيسيًا في القتال ، حيث قبل يوم واحد من الغزو قامت سفينة حربية تحمل مشاة البحرية بغزو الساحل الغربي لبينار ديل ريو وجذبت القوات التي يقودها جيفارا إلى تلك المنطقة.
في حوالي الساعة 01:00، وجهت بلاغار، بصفتها سفينة قيادة ساحة المعركة، عملية الإنزال الرئيسية في بلايا جيرون (التي تحمل الاسم الرمزي بلو بيتش)، بقيادة رجال الضفادع في قوارب مطاطية، تليها قوات من كاريبي في قوارب ألمنيوم صغيرة ، ثم "مركبة إنزال" و "مرفق سفن الإنزال" مع دبابات "M 41 ووكر بولدوج". باربرا جي، التي تقود هيوستن، هبطت بالمثل على بعد 35 كم شمال غرب بلايا لارجا (المسمى الرمزي الشاطئ الأحمر)، باستخدام قوارب الألياف الزجاجية الصغيرة. تأخر تفريغ القوات ليلاً بسبب أعطال في المحركات ولحقت أضرار بالقوارب بسبب الشعاب المرجانية غير المتوقعة؛ اعتقدت وكالة المخابرات المركزية في الأصل أن الشعاب المرجانية كانت من الأعشاب البحرية. عندما دخل رجال الضفادع، صُدموا عندما اكتشفوا أن الشاطئ الأحمر مضاء بالأضواء الكاشفة، مما أدى إلى تغيير موقع الهبوط على عجل. عندما هبط رجال الضفادع، اندلعت معركة بالأسلحة النارية عندما تعرضت سيارة جيب تقل ميليشيا كوبية. نجحت المليشيات القليلة في المنطقة في تحذير القوات المسلحة الكوبية عبر الراديو بعد وقت قصير من الهبوط الأول، قبل أن يتغلب الغزاة على المقاومة الرمزية.
كانت دبابات اللواء 2506 من طراز "M41 ولكر بولدوج" قد هبطت جميعها بحلول الساعة 7:30 صباحًا في بلو بيتش وجميع القوات بحلول الساعة 8:30 صباحًا. لم يستطع سان رومان في بلو بيتش ولا إرنيدو أوليفا في ريد بيتش التواصل لأن جميع أجهزة الراديو كانت غارقة في الماء أثناء عمليات الإنزال.
في حوالي الساعة 11:00 صباحًا، بدأت الحكومة الكوبية هجومًا للسيطرة على سان بلاس. أمر سان رومان جميع المظليين بالعودة من أجل السيطرة على سان بلاس، وأوقفوا الهجوم. خلال فترة ما بعد الظهر، أبقى كاسترو العميد تحت هجوم جوي ونيران المدفعية المستمرة، لكنه لم يأمر بأي هجمات كبيرة جديدة.
في الساعة 14:00، تلقى الرئيس كينيدي برقية من نيكيتا خروتشوف في موسكو، تفيد بأن الروس لن يسمحوا للولايات المتحدة بدخول كوبا، وتلمح إلى انتقام نووي سريع إلى قلب الولايات المتحدة إذا لم يتم الالتفات إلى تحذيراتهم.
خلال ليلة 17-18 أبريل، تعرضت القوة الموجودة في ريد بيتش لهجمات مضادة متكررة من الجيش والميليشيات الكوبية. مع تصاعد الخسائر واستخدام الذخيرة، تراجعت القوات العسكرية بشكل منتظم. لم تحقق عمليات الإنزال الجوي من أربع طائرات C-54 و 2 C-46 سوى نجاح محدود في هبوط المزيد من الذخيرة.
في الساعة 1:00 صباحً، بدأ مشاة الجيش الكوبي ورجال الميليشيات هجومًا. على الرغم من الخسائر الفادحة من جانب القوات الشيوعية، أجبر نقص الذخيرة اللصوص على العودة واستمرت "دبابات T-34" في شق طريقها عبر حطام ساحة المعركة للضغط على الهجوم.
في حوالي الساعة 17:00 يوم 18 أبريل، هاجمت طائرات تحرير القوات الجوية "B-26" صفوف كوبية مكونة من 12 حافلة خاصة تقود شاحنات تحمل دبابات ومدرعات أخرى، وتتحرك جنوب شرق البلاد بين بلايا لارغا وبونتا بيرديز. تعرضت المركبات المحملة بالمدنيين والميليشيات والشرطة والجنود للهجوم بالقنابل والنابالم والصواريخ، مما أدى إلى خسائر فادحة في الأرواح.
بحلول الساعة 10:30 من صباح يوم 18 أبريل، استولت القوات والميليشيات الكوبية، بدعم من دبابات من طراز "T-34" ومدفعية 122 ملم، على بلايا لارغا بعد أن هربت قوات الفرقة باتجاه جيرون في الساعات الأولى. خلال النهار، تراجعت قوات الفرقة إلى سان بلاس على طول الطريقين من كوفادونجا وياغواراماس. بحلول ذلك الوقت، عاد كل من فيدل كاسترو وخوسيه رامون فرنانديز إلى منطقة جبهة القتال تلك.
بعد الهجمات الجوية الأخيرة، أمر سان رومان مظليينه ورجال الكتيبة الثالثة بشن هجوم مفاجئ، والذي كان ناجحًا في البداية، لكنه سرعان ما فشل. مع تراجع اللصوص غير المنظم، بدأ الجيش الكوبي ورجال الميليشيات في التقدم بسرعة، واستولوا على سان بلاس فقط ليتم إيقافهم خارج جيرون في حوالي الساعة 11 صباحًا.
تتألف مهمة الهجوم الجوي الأخيرة (التي تحمل الاسم الرمزي ماد دوج فلايت) من خمس طائرات من طراز B-26، أربعة منها كانت مأهولة من قبل أطقم جوية أمريكية متعاقدة مع وكالة المخابرات المركزية وطيارين متطوعين من حرس ألاباما الجوي. أسقطت إحدى طائرات سلاح الجو الكوبي طراز سي فيوري (بقيادة دوغلاس رود) واثنتان من طراز سلاح الجو الكوبي طراز T-33 (بقيادة رافائيل ديل بينو وألفارو برينديس) اثنين من طائرات B-26، مما أسفر عن مقتل أربعة طيارين أمريكيين. تم تسيير الدوريات الجوية القتالية بواسطة طائرات دوغلاس A4D-2N سكاي هاوك من سرب VA-34 الذي يعمل من يو إس إس إسكس، مع إزالة الجنسية والعلامات الأخرى. تم إرسال طلعات جوية لطمأنة جنود اللواء والطيارين، ولترهيب القوات الحكومية الكوبية دون الانخراط مباشرة في أعمال الحرب.
في وقت متأخر من يوم 19 أبريل، تحركت المدمرتان "يو إس إس إيتون" (التي تحمل الاسم الرمزي سانتياغو) و"يو إس إس موراي" (التي تحمل الاسم الرمزي تامبيكو) إلى خليج كوشينوس لإجلاء جنود اللواء المنسحبين من الشواطئ، قبل أن يتسبب إطلاق نيران دبابات الجيش الكوبي في قيام الكومودور كروتشفيلد بإصدار أوامر بالانسحاب.
في 20 أبريل، أُعدم أومبرتو سوري مارين في فورتاليزا دي لا كابانا، بعد أن قُبض عليه في 18 مارس بعد تسلل 14 طناً من المتفجرات إلى كوبا. كما تم إعدام زملائه المتآمرين روجيليو غونزاليس كورزو (الملقب "فرانسيسكو جوتيريز")، ورافائيل دياز هانسكوم، وإوفيميو فرنانديز، وأرتورو هيرنانديز تيلاشي، ومانويل لورينزو بويغ ميار.
في 21 أبريل ، انضم إيتون وموراي في 22 أبريل من قبل المدمرتين "يو إس إس كونواي" و"يو إس إس كوني"، بالإضافة إلى الغواصة يوإس إس تريدفين وPBY-5A كاتالينا القارب الطائر، واصلوا البحث في الساحل والشعاب المرجانية والجزر بحثًا عن ناجين من الفرقة المتناثرين، حول 24-30 تم إنقاذهم.
كان ييكو ساكانو ، الذي يُشار إليه في كثير من الأحيان باسم ييكو أوينو ، شريكًا غير متزوج لهيسابورو أوينو لمدة 10 سنوات حتى وفاته في عام 1925. ورد أن هاتشيكو أبدت سعادة كبيرة وعاطفة تجاهها كلما جاءت لزيارته. توفيت ييكو في 30 أبريل 1961 عن عمر يناهز 76 عامًا ودُفنت في معبد في تايتو ، بعيدًا عن قبر أوينو ، على الرغم من طلباتها لأفراد أسرتها بدفنها مع شريكها الراحل.